Nel caso in cui il rumore non sia semplicemente additivo, ma si propaghi nel sistema attraverso una trasformazione comunque lineare, il sistema di Kalman si generalizza in
È possibile in questo caso applicare le stesse equazioni del sistema di Kalman introducendo le sostituzioni
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Tale risultato tornerà utile nella sezione seguente sul filtro di Kalman esteso.
Chiaramente se le matrici e
sono delle identità, ovvero il rumore è semplicemente additivo, la forma si semplifica e ridiventa quella vista in precedenza.